張貼日期：Jul 07, 2010 8:41:25 AM

美國伊利諾伊大學厄本那香檳分校的團隊早在2007年就實現了NAMD的CUDA加速。 他們在國家計算機安全協會（NCSA）基於Tesla的Lincoln集群 上實施了擴展實驗，結果表明，4顆Tesla GPU的性能優於16顆四核CPU的集群。

下載與安裝

• 下載NAMD 2.7 beta 2二進製文件 (美國伊利諾伊大學香檳分校網站)

• 發布說明

基準測試數據

如圖所示，在Tesla GPU集群上，NAMD擴展得非常好。

技術論文

美國伊利諾伊大學厄本那香檳分校網站刊登了數篇關於NAMD 和VMD實現GPU加速的論文。

如需了解CUDA加速分子動力學應用的更多信息，敬請訪問 NVIDIA®（英偉達™）分子動力學頁面。

演示文稿

• 克勞斯•斯圖爾登（Klaus Schluten）團隊關於VMD和NAMD上GPU加速的著作與演示

• SC09關於VMD和NAMD的討論：利用GPU（圖形處理器）計算加速分子模型應用 - John Stone，美國伊利諾伊大學厄本那香檳分校貝克曼高級科技研究院

• 2009年GPU技術大會關於VMD和NAMD的討論: VMD中的GPU加速可視化與分析 - John Stone，美國伊利諾伊大學厄本那香檳分校貝克曼高級科技研究院

• 更多關於使用GPU加速分子動力學應用軟件的著作

• 更多關於使用GPU加速量子化學應用軟件的著作

論壇

• GPUcomputing.net網站GPU分子建模專業社區

採訪/ 視頻

• NVIDIA®（英偉達™）nTersect SC09博客: 利用NVIDIA®（英偉達™）GPU（圖形處理器）研究H1N1病毒

• SC08 採訪James Phillip，美國伊利諾伊大學厄本那香檳分校貝克曼高級科技研究院

GPU解決方案

基於GPU的台式個人超級計算機或數據中心解決方案中可以部署Tesla Bio Workbench軟件。 這些解決方案基於革命性的大規模並行CUDA架構，可加速計算科學的發展步伐。

推薦硬件配置