GROMACS是一款分子動力學套裝軟體，專為如蛋白質、油脂和核酸等擁有許多複雜的鍵結相互作用之生化分子的模擬而設計。GROMACS中可帶來GPU加速CUDA port現已推出beta版本，並針對Particle-Mesh-Ewald (PME)、非鍵結相互作用之任何形式，以及隱式溶劑Generalized Born計算方法提供支援。

下載與安裝

• • OpenMM 計畫所推出的Beta版GROMACS CUDA軟體

• GROMACS OpenMM的注意事項與安裝指南

測試數據

GROMACS的CUDA版本目前針對單GPU提供支援，測試結果如下：

技術文章

• • M. S. Friedrichs, P. Eastman, V. Vaidyanathan, M. Houston, S. LeGrand, A. L. Beberg, D. L. Ensign, C. M. Bruns, V. S. Pande. "利用繪圖處理器進行分子動力學模擬加速." J. Comp. Chem., 30(6):864-872. (2009)

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論壇

• GPUcomputing.net上以GPU為基礎的分子模擬社群

GPU 解決方案

使用者可在搭載繪圖處理器的桌上型個人超級電腦或資料中心中，進行Tesla Bio Workbench應用程式配置。 這些建構於革命性大量平行CUDA架構上的解決方案是針對加速運算科學的研究結果而量身設計而成。

建議硬體配置